Al 31 de diciembre de 2017, el sector privado y sector público adeudan a EsSalud S/ 2.535 millones por concepto de seguros de planillas. La deuda del sector privado asciende a S/ 2.131 y del sector público a S/ 403 millones. El MEF, a través de la promoción de pagos favorables (Decreto 1275), ayudó a que se reduzca la deuda del sector público (gobiernos regionales y locales). Sin embargo, aún queda pendiente el pago del sector privado, que dependerá de la capacidad de cobro de la Sunat. Para el 2018, EsSalud sufrirá un déficit presupuestal de S/ 78 millones en 2018, por lo que solicitó autorización a Fonafe para utilizar los saldos a favor de años anteriores, que suman S/ 600 millones en total.